Dans le jeu Nano SWAT, vous devez faire travailler une équipe de nano afin de réussir à guérir le président de l'armée qui a été victime d'un acte criminel par des ennemis qui lui ont administré un certain type de nano afin de lui soutirer tous les codes secrets qu'il a en tête. Afin de détruire tous les nanos que les ennemis lui ont mis dans le système, vous devez circuler à bord de votre vaisseau-mère nano et réussir à renverser les dégâts en construisant et contrôlant des unités nanos spéciales. Vous ne pouvez tout simplement pas échouer cette mission, le sort de l'humanité repose sur vos épaules!